Нас осталось только связать вместе шаги
Шаг 332 - Много пользователей и администратор.
Шаг 333 - Как прекратить работу систему.

Нужно завести какой то флажок который будет проверяться и если он установлен то произойдет выход из системы. Может реализовать константу НеобходимостьВыхода как числовое значение.

Теперь в глобальном модуле по таймеру проверять эту константу и если она установлена завершить работу системы.

Процедура Проверка()
Если Константа.НеобходимостьВыхода=1 Тогда
        ЗавершитьРаботуСистемы();
Конецесли;
КонецПроцедуры     


ОбработкаОжидания("Проверка",10);

Вот и все. Стоит Вам установить эту константу как через установленное время у всех пользователей произойдет завершение работы и Вы сможете сохранить исправленную конфигурацию. Еще не плохо предупредить пользователей Сообщить например.